Até um dia!

O lado pessoal da vida de um cientista em formação é um misto de prazer em se conhecer pessoas incríveis e de tristeza por ter que se despedir delas pouco tempo depois. A impressão é de que estamos sempre fazendo amigos a quem só encontraremos num casamento ou num congresso por aí. E olhe lá, porque as pessoas se espalham pelo mundo, mudam de área de pesquisa, de carreira…

Estou desde fevereiro de 2007 no NGHM, descontados uns intervalos. E nesses intervalos também conheci e me despedi de muitas pessoas que hoje fazem falta. Mas agora chegou a hora de eu dizer “até logo” aos colegas deste laboratório.

As experiências vividas como aluno de IC e de doutorado do NGHM transformaram minha vida. Vou lembrar pra sempre de momentos e de pessoas que passaram por aqui durante esse tempo. E estarei de alguma forma ainda ligado ao lab, pois ele é como se fosse minha cidade natal, onde nasci como cientista.

Desejo tudo de melhor aos que ficam, que continuem a fazer o laboratório crescer.

Vou seguir por outros caminhos agora, e iniciar minha carreira, sempre levando na mente algo que aprendi aqui: Que o cientista que somos é maior do que a ciência que fazemos em nossos projetos de pesquisa. Que eu possa, a cada dia, saber mais sobre o mundo do que eu sabia ontem, e que eu use isso para melhorar a vida de alguém.

Um grande abraço a todos!

Defesa de dissertação de mestrado de Elaine e Lidiane

Nesta quarta-feira, 26 de fevereiro, Elaine Stur e Lidiane Agostini defenderam suas dissertações e se tornaram mestres em biotecnologia.

O trabalho de Elaine foi intitulado “Avaliação de Polimorfismos de Genes de Reparo em Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço e a sua Relação com a Radiossensibilidade Tumoral”.

O de Lidiane foi “Avaliação de Polimorfismos dos Genes ATM, TP53, BCL2 e TGFβ Relacionados com o Prognóstico de Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço: Relação com Radiossensibilidade Tumoral”.

Ambas desenvolveram seus estudos sob orientação do Dr. Iuri Louro no NGHM, e já estão aprovadas para o doutorado! Parabéns meninas!

Análise de STRs forenses em R

Olá. Esse post é pra quem trabalha com STRs forenses e tem interesse de analisar em R.

Eu publiquei no GitHub [https://github.com/VitorAguiar/forensicstr] um programinha (Rforensic.R) que toma um arquivo com perfis dos indivíduos (exemplo: “sample_input.csv”) e produz uma tabela de frequência alélica e estatísticas de relevância forense, como heterozigose observada e esperada, coeficiente de endocruzamento (que pode ser considerado uma quantificação dos desvios de Hardy-Weinberg em cada locus), índice de paternidade típico, informação de conteúdo polimórfico, probabilidade de match, poder de exclusão e poder de discriminação.

O programa roda em poucos segundos mesmo que você tenha milhares de indivíduos, evitando os vários passos de copy-n-paste do PowerStats e formatação de arquivos de input do Arlequin.

Além disso ele também pode fazer uma tabela de matches adventícios completos e parciais (nesse caso pode levar vários minutos dependendo da quantidade de indivíduos), e um histograma simples de missing data em cada locus.

Não tem GUI, então se executa do source code. Posso auxiliar quem quiser usar e não esteja familiarizado com R. Ainda é uma versão teste, então podem acontecer alguns probleminhas na execução. Nesse caso, favor reportar na seção de bugs do GitHub.

E se alguém publicar um paper, referencia meu GitHub! :)

P.S.: Publiquei aqui no blog essa lista de fontes interessantes para quem quer aprender R: http://wp.me/s2Tzlq-r

Curso de Verão em Genética Estatística na Esalq

Cheguei a Piracicaba no dia 02 de fevereiro. Era um domingo quente. Todos os 10 dias subsequentes seriam quentes, 40º C pra cima. E secos… não chovia há dias e a região já enfrentava uma grave seca.

Mas o campus agradável da Esalq-USP, com aquele clima de fazenda, ainda assim seria um lugar perfeito para o SISG Brazil (a versão brasileira do Summer Institute in Statistical Genetics que ocorre anualmente na University of Washington Seattle).

Com cursos instruídos por pesquisadores das melhores instituições do mundo e estudantes e profissionais também de várias partes do planeta, o evento foi um sucesso. Aprendi muito, revi amigos e encontrei muita gente interessante.

Participei de 3 módulos: Quantitative Genetics, com os professores Bruce Walsh (University of Arizona) e Guilherme Rosa (University of Wisconsin Madison); High-dimensional Omics Data e Network and Pathway Analysis of Omics Data, ambos com os professores Alison Motsinger-Reif (North Carolina State University) and Ali Shojaie (University of Washington Seattle).

O primeiro foi uma grande viagem pela genética quantitativa desde o paper de Fisher em 1918 até os dias atuais. Os outros dois apresentaram uma variedade de técnicas usadas pelos top pesquisadores do mundo para análise de dados “omics” e de redes “omics” (genômicas, proteômicas, metabolômicas…), muitas dessas ferramentas em R!

Deixo aqui meus parabéns aos organizadores, principalmente ao Dr. Augusto Garcia e seus alunos, pela iniciativa corajosa de trazer o evento ao Brasil e pela excelência na organização. O evento deve acontecer a cada 2 anos. Que venha o próximo!

Flickr do Evento

NGHM em tempo real

Com recurso provido pela FAPES (Fundação de Amparo a Pesquisa do Espírito Santo), o NGHM adquiriu seu primeiro equipamento de PCR em tempo real, que foi recebido hoje no Núcleo!

O equipamento é usado para detectar e quantificar moléculas específicas de DNA e será empregado em diversos projetos do laboratório, também criando a possibilidade de desenvolvimento de uma ampla gama de novos projetos.

A melhora da estrutura de equipamentos ocorrida na última década no NGHM é notável. E o “real-time”, como é chamado pelos pesquisadores, vai contribuir muito com o aumento do nível da pesquisa realizada por aqui.

Modelo de PCR em tempo real Rotor-Gene Q (Qiagen)

Modelo de PCR em tempo real Rotor-Gene Q (Qiagen)

As ilhas do Espírito Santo [na pesquisa científica]

Há alguns dias recebemos um contato da Professora Marta Freire, do Instituto Federal do Espírito Santo (IFES), mestre em inteligência computacional, com interesse em colaborar com o NGHM na aplicação de ferramentas computacionais na pesquisa genômica.

“Recentemente, iniciei uma iniciação científica com um aluno do IFES usando algoritmos para processamento de fitas de DNA. Essa iniciação me fez perceber como estamos trabalhando em ilhas”, diz a Professora.

A integração com a computação já é realidade no cenário mundial da pesquisa em ciências biológicas, sendo comum laboratórios divididos entre cientistas das áreas biológicas e cientistas da computação. Na verdade, não se percebe divisão nenhuma, as duas áreas estão cada vez mais se fundindo.

Infelizmente, não é assim no Espírito Santo. Os grupos de pesquisa funcionam muitas vezes como ilhas, até dentro de um mesmo departamento. É urgente pensar a integração da biologia com a estatística e com a computação. A biologia está cada vez mais complexa, e a capacidade de gerar dados cada vez mais rápida. É preciso que se crie uma estrutura no Estado para trabalhar dentro dessa nova realidade.

Os projetos desenvolvidos no lab poderiam se beneficiar com ajuda da computação na análise e interpretação de dados. Sem falar nas importantes fontes de dados disponíveis publicamente que poderiam ser mais exploradas em projetos do NGHM, como o HapMap e o 1000 Genomes Project, o que não ocorre pela falta de habilidades em análise de dados.

O potencial de responder questões importantes na ciência aumenta muito quando esta une suas forças com a computação. Por isso, vamos trabalhar para implantar essas parcerias no NGHM em breve.

Não existe futuro da genética sem informática. E nós estamos prontos?

SISG Seattle 2013

Mais uma vez estou aproveitando o lindo e quente verão de Seattle e aprendendo muito sobre genética estatística no Summer Institute in Statistical Genetics.

A atmosfera tranquilizadora do verão daqui proporciona o aprendizado e a discussão em um ambiente bem relax, onde você encontra gente de todo o mundo e conversa com os grandes nomes da genética estatística, aquelas referências bibliográficas que a gente conhece de nome e nem imagina como são. Isso tudo no lindo campus da University of Washington, a beira da Portage Bay.

Esse ano, minha primeira surpresa foi a residência estudantil onde fiquei hospedado, o Alder Hall. Um verdadeiro luxo para uma residência estudantil. Meu roommate é um estudante de doutorado em estatística da Rice University em Houston, TX. Um cara muito simpático… certamente seríamos grandes amigos se tivéssemos mais tempo.

Dessa vez, vim para cursar apenas 1 módulo, o de Genética Estatística para Ciências Forenses, ministrado por dois grandes nomes da genética forense: Bruce Weir e John Buckleton. Durante todo o curso, senti aquela sensação boa de estar na sala com duas lendas, de que ouvi-los era muito melhor do que ler qualquer livro sobre “forensics”.

Para os que gostariam de participar mas não podem vir a Seattle, uma boa notícia. Pela primeira vez o evento será organizado no Brasil. Será em Piracicaba no verão de 2014, por volta de janeiro/fevereiro.

Deixo vocês com algumas fotos. Uma vista do campus da UW, outra de mim com os professores e outros “attendees” do curso, e a última do Space Needle. Uma das organizadoras do envento disse “Eu já vi muitas fotos do Space Needle, mas essa é fabulosa. Captura bem a atmosfera de Seattle”. Imprimi a foto e dei a ela como agradecimento. Ela disse que vai emoldurar e por na sala dela. Terei sempre muitas boas lembranças de Seattle, e agora uma delas vai ficar aqui, impressa.

Update em 23/09/2013: site do SISG 2014 em Piracicaba.