Reunião de Bioestatística II: Risco Relativo e Odds Ratio

Na última reunião de bioestatística do NGHM, eu, Raquel Spinassé e Victor Stange falamos sobre o uso de risco relativo (RR) e odds ratio (OR) em pesquisa biomédica, duas estatísticas muito confundidas entre si e frequentemente mal interpretadas.

O risco relativo deve ser usado em estudos de coorte, no qual o pesquisador segue um grupo de indivíduos ao longo de um tempo e verifica a ocorrência de um evento (por exemplo, uma doença), tendo assim uma medida de sua incidência. O RR então mede o risco de um subgrupo desenvolver o evento em relação a outro subgrupo.

Por exemplo, em um estudo para analisar o risco de se desenvolver câncer de pulmão, um pesquisador pode acompanhar um grupo de 5.000 pessoas ao longo de um tempo. Ao acessar a quantidade de indivíduos que desenvolveram a doença, pode-se analisar a proporção desses indivíduos que tem hábitos tabagistas ou não.

Assim, o RR seria dado por: proporção de fumantes com câncer/proporção de não fumantes com câncer. Isso poderia ser interpretado como o risco de se desenvolver câncer de pulmão dado que você fuma.

Odds ratio é uma medida de interpretação um tanto menos intuitiva, porém muito útil em estudos de caso-controle. Estudo de caso-controle é aquele em que o pesquisador define os grupos antes de iniciar o estudo, por exemplo, um grupo de 500 indivíduos com a doença e um grupo de 500 indivíduos controles. Nesse tipo de desenho, não se pode usar o RR, uma vez que não se tem uma medida de incidência do evento, afinal é o próprio pesquisador quem define a quantidade de indivíduos em cada grupo.

É possível entender o conceito de Odds com um exemplo simples. Imagine a probabilidade de tirar um 6 ao jogar um dado de 6 lados, esta é 1/6 (esse seria o “risco”). A odds de se tirar o mesmo 6 é de 1/5, pois a odds é dada pela probabilidade de um evento ocorrer dividida pela probabilidade de ele não ocorrer, ou p / (1-p).

No nosso exemplo de câncer de pulmão, a OR seria dada por: (quantidade de fumantes com câncer/quantidade de fumantes sem câncer) / (quantidade de não fumantes com câncer/quantidade de não fumantes sem câncer).

Na reunião, também apresentamos uma função em R para calcular RR e OR, além de um exemplo de cálculo de OR pela abordagem da regressão logística. O R script está disponível aqui para que todos possam executar em seu próprio computador.

Probabilidades e Odds de morte por uma certa doença para diferentes genótipos. (via Ken Rice, University of Washington Seattle)

Estrutura para pesquisa de ponta no Brasil

A edição de abril da revista Pesquisa Fapesp traz como destaque de capa a criação de pólos tecnológicos com laboratórios de empresas em campi universitários, um modelo de sucesso nos EUA e que vem ganhando força no Brasil nos últimos 10 anos.

Além de citar o Parque Tecnológico do Rio (UFRJ) e o TECNOPUC (PUC-RS), a matéria destaca a construção do Parque Científico e Tecnológico da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), que será parte do Sistema Paulista de Parques Tecnológicos. O parque da Unicamp abrigará laboratórios de empresas como a Tecnometal (mineração e energias renováveis), Cameron do Brasil (petróleo e gás), Unidade Mista Embrapa Unicamp de Pesquisa em Genômica Aplicada a Mudanças Climáticas, Inovasoft (Centro de Inovação em Software da Unicamp, que abriga empresas nascentes e laboratórios criados em parceria com a IBM, a Samsung e o Banco do Brasil), Laboratório de Inovação de Biocombustíveis (LIB) e o Laboratório Central de Tecnologias de Alto Desempenho (LaCTAD), destinado a pesquisa em genômica, bioinformática, proteômica e biologia celular.

Com equipamentos como os sequenciadores Illumina HiSeq 2500 e ABI 3730XL, equipamento de cromatografia líquida, calorímetro, espectrômetro de massas Xevo Q-TOF MS, microscópio confocal Leica, além de serviços de bioinformática com servidores IBM e máquinas HP, o LaCTAD deve se tornar um pólo de produção científica de alta qualidade e atrair alguns dos melhores pesquisadores do país.

Você pode ler a matéria sobre o LaCTAD na íntegra aqui. Toda a revista Pesquisa FAPESP está disponível no site, incluindo a matéria sobre o Parque Científico e Tecnológico Unicamp.

Matéria da revista Pesquisa FAPESP (Abril 2013)

60 anos da dupla hélice

A molécula mais famosa do mundo “completa hoje” 60 anos. No dia 25 de abril de 1953, era publicada na Nature uma pequena carta de Watson e Crick, em que eles sugeriam “uma nova estrutura para o sal do ácido desoxirribonucleico”. A tal estrutura era de uma molécula composta por 2 fitas que se espiralavam entre si, e que iriam girar o mundo da biologia para sempre.

O DNA é um código que contém toda a informação (em forma de genes) para criar e gerenciar uma vida. Um código de 3 bilhões de unidades de comprimento (em humanos) que começou a ser quebrado em 1990 com o Projeto Genoma, o primeiro grande projeto científico de colaboração multinacional que custaria o equivalente a 6 missões espaciais, e que na época (só 23 anos atrás) era considerado surreal, como “sugerir a um balonista da era vitoriana que tentássemos colocar um homem na lua”, segundo palavras de Watson.

O Genoma mudou a forma como a pesquisa em ciências biológicas é feita. Mas embora a genômica tenha melhorado o diagnóstico e tratamento em alguns casos, ainda hoje o DNA guarda muitos segredos. Ainda buscamos entender os mecanismos causadores de doenças, como a evolução ocorre no nível molecular e como nossos genes governam nosso desenvolvimento e envelhecimento.

O futurista Ray Kurzweil coloca a genética como um dos 3 conhecimentos que dominarão o mundo no futuro, junto com a nanotecnologia e a informática. As possibilidades são enormes e vão desde o diagnóstico e cura instantâneos de doenças, temas polêmicos como o melhoramento genético de nossa espécie até a fusão da genética com a eletrônica, criando-se chips que usam o DNA como memória. E o que mais? Ao que você acha que o conhecimento em genética vai nos levar no futuro?

A famosa “foto 51″ que Rosalind Franklin tirou em maio de 1952, e que deu a dica para Watson e Crick formularem sua estrutura de dupla hélice.

O que Dra. Lygia espera de um aluno de pós-graduação

A Dra. Lygia da Veiga Pereira, pesquisadora/professora da USP em genética humana e células-tronco embrionárias, e coordenadora do Laboratório Nacional de Células-Tronco Embrionarias (LaNCE), escreveu um interessante texto em sua coluna online, no qual descreve o que ela espera de um aluno que queira trabalhar com ela.

Vale a pena ler e refletir.

http://asmeninasonline.com/lygiaveiga/o-que-eu-espero-de-um-aluno-de-pos-graduacao/

Reunião de bioestatística I

Hoje tivemos a primeira reunião de bioestatística do NGHM. Abordamos conceitos básicos como amplitude interquartil, variância, desvio padrão, erro padrão e intervalo de confiança. A apresentação e o R script estão disponíveis aqui.

A reunião tem como objetivo reforçar o conhecimento dos alunos da genética em conceitos básicos de estatística, bem como a compreensão dos testes mais aplicados em pesquisas científicas da área.

A próxima reunião ainda precisa de um voluntário para realizar a apresentação. Alguns tópicos sugeridos são:

1. População e amostras, tipos de variáveis;
2. Correlação e Regressão;
3. Análise de variância (ANOVA);
4. Tipos de distribuição (normal, uniforme, binomial…);
5. Test T: uma amostra, diferença entre duas amostras, distribuição t;
6. Teste do chi-quadrado;
7. Regressão múltipla e logistica;
8. Noções de probabilidade;
9. Odds Ratio;

Sugestão de material:

Livro de estatística OpenIntro Statistics

Vídeos no canal youtube.com/khanacademy 

Os alunos são incentivados a escolherem um tema que tem vontade de aprender ou que tem necessidade aplicar em seu projeto. Há total liberdade quanto ao formato de apresentação.

Chegando agora ao laboratório?

Ser um novato no laboratório não é uma situação das mais confortáveis, especialmente se for a primeira iniciação científica de sua vida.

Conseguir entrar no NGHM não foi tão fácil pra mim. Para o Dr. Iúri aceitar conversar sobre estágio, tive que tirar nota 10 na prova dele, uma das disciplinas mais intimidadoras da biologia naqueles tempos. Mais difícil ainda foi ter conseguido permanecer. Durante minhas primeiras semanas, quando ainda estava naquela fase de acompanhar as atividades dos alunos mais experientes, fui encarregado de fazer a primeira reunião de laboratório do ano de 2007. Eu teria que apresentar uma revisão de 16 páginas que acabara de sair na Nature Reviews Cancer sobre GPCRs (G protein-coupled receptors). Com toda a dificuldade no inglês e com os termos técnicos, lá fui eu apresentar.

Na verdade, eu não achava nada difícil na época, pois era algo que eu gostava e estava muito curioso pra saber mais sobre genética.

A apresentação? Claro que foi quase um desastre. Mas no fim, meu orientador disse que foi bom, que “quando aparece um aluno querendo trabalhar com câncer, eu dou logo uma revisão dessa… se ele voltar ao lab no dia seguinte, é porque ele quer mesmo”. Mas o importante é que, quando ele sugeriu que eu apresentasse, eu topei na hora, não me intimidei.

Depois do início complicado e nebuloso, sem ideia ainda do que exatamente fazer ali, chega uma fase mais agradável, em que você até descobre, além de um grupo de colegas, um grupo de amigos. E atividades extra-laboratório, como um almoço, um churrasco, um retiro de laboratório (quem sabe?), contribuem muito para essa integração do grupo de trabalho e inserção dos recém-chegados.

Se eu tivesse que dar conselhos para um iniciante, bom eu teria uma lista:

1. Não se intimide, não se esconda, não omita suas opiniões. Ao invés disso, se disponha a realizar e organizar tarefas, seja um integrante ativo do grupo.

2. Sente na mesa do seu colega e peça opinião sobre uma ideia que você teve. Discuta, debata. Esteja presente na mesa e na caixa de emails de seu orientador, mas sem excessos.

3. Não se limite apenas ao seu projeto, principalmente se estiver em um laboratório que já tenha limitações. Muitos alunos se fecham no pequeno universo de seu projeto de pesquisa e não enxergam o ‘big picture’ da coisa.

Bom, e você? Tem alguma história sobre o seu início no lab?

Departamento de Pesquisa PRPPG-UFES com novo diretor

Dr. Iúri Drumond Louro, do NGHM, foi nomeado o novo Diretor do Departamento de Pesquisa da Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da UFES.

Desejamos a Dr. Iúri um ótimo trabalho na PRPPG, que faça crescer a excelência da pesquisa na nossa universidade, excelência esta que vem empregando no trabalho a frente do NGHM, contribuindo, nos últimos anos, para a considerável elevação da qualidade da pesquisa realizada no núcleo, servindo de exemplo para jovens pesquisadores sob sua orientação.