Migrando para o lado seco da bancada

Talvez eu tenha o tipo de trabalho mais diferente do NGHM, no sentido de que em todo o meu doutorado, até hoje eu não usei uma pipeta, não fiz uma extração de DNA, nem PCR, nenhuma reação de sequênciamento, muito menos um gel.

Mas esse tipo de coisa é exatamente o que se pensa quando se fala em pesquisa genética e, se eu não faço isso, o que eu faço então? Bom, eu analiso dados. Meu único instrumento de trabalho é um computador. E sim, isso pode ser muito interessante. Após meu ano de sanduíche no Center for Theoretical Evolutionary Genomics da University of California Berkeley então… decidi que é isso que quero fazer da vida. É o que se chama de Biologia Computacional.

O laboratório aqui é um pouco diferente de um laboratório de biologia normal. Na verdade, há apenas grandes salas com computadores por toda a parte. E é só isso. Mas o que se faz aqui é biologia pura. O grupo é especializado em genética de populações, evolução e análise de dados genômicos em geral, como aqueles de sequênciamento de nova geração, RNAseq e SNP arrays. A formação das pessoas é bem matemática. Até mesmo os biólogos tem algum minor, mestrado ou doutorado em estatística, matemática ou ciência da computação.

Infelizmente, nas escolas brasileiras, a matemática é apresentada ao estudante de uma forma não amigável e, normalmente, não se requer a aplicação de muita (ou nenhuma) matemática em cursos de biologia. Isso é verdade até mesmo para cursos superiores. E não há integração dos setores de biologia, estatística e ciência da computação nas universidades. Consequentemente, biólogos sendo formados no Brasil tem pouca ou nenhuma habilidade de análise de dados. Muitos pensam que o importante é gerar dados, depois se contrata um estatístico ou bioinformata para fazer a outra parte. E assim, se tornam profissionais muito limitados.

O principal grupo de ferramentas de bioinformática é a programação. Convencer um estudante de biologia que ele deve aprender programação parece um pouco difícil, mas após escrever os primeiros programinhas, se pode perceber como é um campo acessível e excitante! Com programação, você pode customizar suas análises, seus gráficos e figuras, não precisando ficar preso a o que um determinado software faz. É permitido pensar nas próprias hipóteses e criar formas de testa-las. Se você precisa mudar algo num gráfico feito por um software, por exemplo, como fazer? Com programação, é só mudar uma linha de código. Sabe aquelas figuras perfeitas publicadas na Nature? Programação!

Tanto faz se você pretende se mudar completamente para o “lado seco” ou ainda manter um pé no “lado molhado” da bancada, habilidades de análise de dados é essencial. Pensando nisso, eu e Iúri temos discutido sobre criar essa cultura no grupo NGHM-Iúri. Pra começar, talvez pudéssemos montar uma disciplina ou um grupo de estudos no tema. Após um grupo de alunos dominarem os principais conceitos, a coisa se propaga. Novos alunos vão entrando, recebendo o conhecimento dos mais antigos e aprofundando-o.

Talvez essa ideia inicial ainda represente uma grande mudança na filosofia de trabalho do lab no futuro. Mas como os alunos encarariam essa mudança? Com esperança, muitos deles vão descobrir a beleza de se trabalhar com biologia num computador, escrevendo códigos de programação.

P.S.1: o autor se compromete a postar mais histórias sobre programação em breve.

P.S.2: Este post foi inspirado no post de Melissa Wilson Sayres em http://cteg.berkeley.edu/~nielsen/2012/this-is-research/

4 respostas em “Migrando para o lado seco da bancada

  1. Adorei o post Vitor! Com toda a certeza, a sua experiência adquirida nesse ano será muito bem vinda. Definitivamente essa parte de Biologia computacional é algo que quem está aqui (nas escolas brasileiras) praticamente não tem conhecimento. Na Universidade não há uma grade curricular e quase nenhuma oportunidade de aprender as análises de dados e, diga-se de passagem, faz muita falta! Acho muito interessante se montasse uma disciplina ou um grupo de estudo como foi proposto. Abs, Lyvia.

    • Ei Lyvia, cabe a nós mostrar que há essa demanda! Não sou nenhum especialista no assunto, tenho trabalhado com isso há apenas 1 ano, mas adoraria voltar ao lab e encontrar gente interessada no assunto, seria um grande estímulo a continuar. Quem sabe no futuro haja muitos alunos fazendo isso e acabem contratando um professor especialista e criando uma disciplina formal? Abraço e até breve.

  2. É isso aí Vitão. Ótima ideia o blog! As iniciativas da bioinformática no Brasil foram bem tímidas até o momento, com o programa em Bioinfo no IME-USP tendo começado há poucos anos. Se precisar de ajuda, estamos aí. Abraços!

    • Olá Fábio! Tenho certeza de que há ótimas iniciativas no Brasil, principalmente em São Paulo, como o grupo de vocês. Obrigado pelo contato e por acompanhar o blog. Igualmente, estou aqui pro que precisarem. Abraço.

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