Programação em R para análise de dados genômicos

Digite R no google e clique no primeiro link. Pronto, você nunca mais será o mesmo biólogo de antes. R é uma linguagem de programação, a princípio estruturada para manipulação de dados, modelagem e visualização. Não é exatamente uma coisa nova, o projeto R foi criado em torno de 1990 por Ross Ihaka e Robert Gentleman como uma implementação de S, e vem se tornando o padrão da estatística, análise de dados e desenvolvimento de gráficos na pesquisa científica.

A biologia hoje é uma disciplina de grandes e complexos conjuntos de dados. Assim, habilidades de programação são essenciais a pesquisadores em biologia molecular, campo dominado por sequências de genomas completos, dados de arrays de milhões de SNPs e outras tecnologias. [Update em 12/02/2015: Veja essa história na Nature sobre R na ciência]

Além de todo o poder do pacote básico do R, há ainda quase 1.000 pacotes de R específicos para análise de dados genômicos disponíveis no site do projeto Bioconductor. Você pode instalar e começar a usá-los instantaneamente. [história na Nature sobre o Bioconductor]

Para quem quer começar a aprender, esse guia do iniciante em R é uma introdução em 6 partes bem completa da linguagem. A última parte traz uma lista de livros, sites, videos, tutoriais, cursos online, etc.

Para quem gosta de tomar cursos presenciais, todo ano acontece o Summer Institute in Statistical Genetics na University of Washington Seattle com vários módulos sobre análise genômica usando R, além de módulos introdutórios da linguagem. A cada 2 anos ocorre a versão brasileira do evento (a próxima será no verão de 2016) na Esalq-USP em Piracicaba-SP.

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