Defesa de dissertação de mestrado de Elaine e Lidiane

Nesta quarta-feira, 26 de fevereiro, Elaine Stur e Lidiane Agostini defenderam suas dissertações e se tornaram mestres em biotecnologia.

O trabalho de Elaine foi intitulado “Avaliação de Polimorfismos de Genes de Reparo em Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço e a sua Relação com a Radiossensibilidade Tumoral”.

O de Lidiane foi “Avaliação de Polimorfismos dos Genes ATM, TP53, BCL2 e TGFβ Relacionados com o Prognóstico de Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço: Relação com Radiossensibilidade Tumoral”.

Ambas desenvolveram seus estudos sob orientação do Dr. Iuri Louro no NGHM, e já estão aprovadas para o doutorado! Parabéns meninas!

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Análise de STRs forenses em R

Olá. Esse post é pra quem trabalha com STRs forenses e tem interesse de analisar em R.

Eu publiquei no GitHub [https://github.com/VitorAguiar/forensicstr] um programinha (Rforensic.R) que toma um arquivo com perfis dos indivíduos (exemplo: “sample_input.csv”) e produz uma tabela de frequência alélica e estatísticas de relevância forense, como heterozigose observada e esperada, coeficiente de endocruzamento (que pode ser considerado uma quantificação dos desvios de Hardy-Weinberg em cada locus), índice de paternidade típico, informação de conteúdo polimórfico, probabilidade de match, poder de exclusão e poder de discriminação.

O programa roda em poucos segundos mesmo que você tenha milhares de indivíduos, evitando os vários passos de copy-n-paste do PowerStats e formatação de arquivos de input do Arlequin.

Além disso ele também pode fazer uma tabela de matches adventícios completos e parciais (nesse caso pode levar vários minutos dependendo da quantidade de indivíduos), e um histograma simples de missing data em cada locus.

Não tem GUI, então se executa do source code. Posso auxiliar quem quiser usar e não esteja familiarizado com R. Ainda é uma versão teste, então podem acontecer alguns probleminhas na execução. Nesse caso, favor reportar na seção de bugs do GitHub.

E se alguém publicar um paper, referencia meu GitHub! 🙂

P.S.: Publiquei aqui no blog essa lista de fontes interessantes para quem quer aprender R: http://wp.me/s2Tzlq-r

Curso de Verão em Genética Estatística na Esalq

Cheguei a Piracicaba no dia 02 de fevereiro. Era um domingo quente. Todos os 10 dias subsequentes seriam quentes, 40º C pra cima. E secos… não chovia há dias e a região já enfrentava uma grave seca.

Mas o campus agradável da Esalq-USP, com aquele clima de fazenda, ainda assim seria um lugar perfeito para o SISG Brazil (a versão brasileira do Summer Institute in Statistical Genetics que ocorre anualmente na University of Washington Seattle).

Com cursos instruídos por pesquisadores das melhores instituições do mundo e estudantes e profissionais também de várias partes do planeta, o evento foi um sucesso. Aprendi muito, revi amigos e encontrei muita gente interessante.

Participei de 3 módulos: Quantitative Genetics, com os professores Bruce Walsh (University of Arizona) e Guilherme Rosa (University of Wisconsin Madison); High-dimensional Omics Data e Network and Pathway Analysis of Omics Data, ambos com os professores Alison Motsinger-Reif (North Carolina State University) and Ali Shojaie (University of Washington Seattle).

O primeiro foi uma grande viagem pela genética quantitativa desde o paper de Fisher em 1918 até os dias atuais. Os outros dois apresentaram uma variedade de técnicas usadas pelos top pesquisadores do mundo para análise de dados “omics” e de redes “omics” (genômicas, proteômicas, metabolômicas…), muitas dessas ferramentas em R!

Deixo aqui meus parabéns aos organizadores, principalmente ao Dr. Augusto Garcia e seus alunos, pela iniciativa corajosa de trazer o evento ao Brasil e pela excelência na organização. O evento deve acontecer a cada 2 anos. Que venha o próximo!

Flickr do Evento