Análise de STRs forenses em R

Olá. Esse post é pra quem trabalha com STRs forenses e tem interesse de analisar em R.

Eu publiquei no GitHub [https://github.com/VitorAguiar/forensicstr] um programinha (Rforensic.R) que toma um arquivo com perfis dos indivíduos (exemplo: “sample_input.csv”) e produz uma tabela de frequência alélica e estatísticas de relevância forense, como heterozigose observada e esperada, coeficiente de endocruzamento (que pode ser considerado uma quantificação dos desvios de Hardy-Weinberg em cada locus), índice de paternidade típico, informação de conteúdo polimórfico, probabilidade de match, poder de exclusão e poder de discriminação.

O programa roda em poucos segundos mesmo que você tenha milhares de indivíduos, evitando os vários passos de copy-n-paste do PowerStats e formatação de arquivos de input do Arlequin.

Além disso ele também pode fazer uma tabela de matches adventícios completos e parciais (nesse caso pode levar vários minutos dependendo da quantidade de indivíduos), e um histograma simples de missing data em cada locus.

Não tem GUI, então se executa do source code. Posso auxiliar quem quiser usar e não esteja familiarizado com R. Ainda é uma versão teste, então podem acontecer alguns probleminhas na execução. Nesse caso, favor reportar na seção de bugs do GitHub.

E se alguém publicar um paper, referencia meu GitHub!🙂

P.S.: Publiquei aqui no blog essa lista de fontes interessantes para quem quer aprender R: http://wp.me/s2Tzlq-r

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