Defesa de dissertação de mestrado de Elaine e Lidiane

Nesta quarta-feira, 26 de fevereiro, Elaine Stur e Lidiane Agostini defenderam suas dissertações e se tornaram mestres em biotecnologia.

O trabalho de Elaine foi intitulado “Avaliação de Polimorfismos de Genes de Reparo em Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço e a sua Relação com a Radiossensibilidade Tumoral”.

O de Lidiane foi “Avaliação de Polimorfismos dos Genes ATM, TP53, BCL2 e TGFβ Relacionados com o Prognóstico de Pacientes com Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço: Relação com Radiossensibilidade Tumoral”.

Ambas desenvolveram seus estudos sob orientação do Dr. Iuri Louro no NGHM, e já estão aprovadas para o doutorado! Parabéns meninas!

Reunião de Bioestatística III

No dia 17 de junho tivemos a 3ª reunião de bioestatística do NGHM. Com a mestranda Gabriela Peterle no comando, discutimos temas básicos como a diferenciação entre população e amostra, parâmetro e estimativa, média e mediana (e a diferença de sensibilidade a outliers entre elas), desvio padrão e erro padrão, além de relembrar o cálculo de intervalo de confiança e tamanho de amostra.

Na parte de tamanho de amostra, discutimos os tipos de cálculos, que diferem dependendo do desenho do estudo. Fizemos uma análise dos cálculos realizados pelo STATCALC no Epi Info para estudos descritivos e estudos do tipo coorte.

Também propomos funções em R usando as mesmas fórmulas usadas pelo Epi Info para esses dois desenhos de estudo. O script está disponível aqui.

Reunião de Bioestatística II: Risco Relativo e Odds Ratio

Na última reunião de bioestatística do NGHM, eu, Raquel Spinassé e Victor Stange falamos sobre o uso de risco relativo (RR) e odds ratio (OR) em pesquisa biomédica, duas estatísticas muito confundidas entre si e frequentemente mal interpretadas.

O risco relativo deve ser usado em estudos de coorte, no qual o pesquisador segue um grupo de indivíduos ao longo de um tempo e verifica a ocorrência de um evento (por exemplo, uma doença), tendo assim uma medida de sua incidência. O RR então mede o risco de um subgrupo desenvolver o evento em relação a outro subgrupo.

Por exemplo, em um estudo para analisar o risco de se desenvolver câncer de pulmão, um pesquisador pode acompanhar um grupo de 5.000 pessoas ao longo de um tempo. Ao acessar a quantidade de indivíduos que desenvolveram a doença, pode-se analisar a proporção desses indivíduos que tem hábitos tabagistas ou não.

Assim, o RR seria dado por: proporção de fumantes com câncer/proporção de não fumantes com câncer. Isso poderia ser interpretado como o risco de se desenvolver câncer de pulmão dado que você fuma.

Odds ratio é uma medida de interpretação um tanto menos intuitiva, porém muito útil em estudos de caso-controle. Estudo de caso-controle é aquele em que o pesquisador define os grupos antes de iniciar o estudo, por exemplo, um grupo de 500 indivíduos com a doença e um grupo de 500 indivíduos controles. Nesse tipo de desenho, não se pode usar o RR, uma vez que não se tem uma medida de incidência do evento, afinal é o próprio pesquisador quem define a quantidade de indivíduos em cada grupo.

É possível entender o conceito de Odds com um exemplo simples. Imagine a probabilidade de tirar um 6 ao jogar um dado de 6 lados, esta é 1/6 (esse seria o “risco”). A odds de se tirar o mesmo 6 é de 1/5, pois a odds é dada pela probabilidade de um evento ocorrer dividida pela probabilidade de ele não ocorrer, ou p / (1-p).

No nosso exemplo de câncer de pulmão, a OR seria dada por: (quantidade de fumantes com câncer/quantidade de fumantes sem câncer) / (quantidade de não fumantes com câncer/quantidade de não fumantes sem câncer).

Na reunião, também apresentamos uma função em R para calcular RR e OR, além de um exemplo de cálculo de OR pela abordagem da regressão logística. O R script está disponível aqui para que todos possam executar em seu próprio computador.

Odds de se sobreviver dado  diferentes genótipos. (via Ken Rice, University of Washington Seattle)

Probabilidades e Odds de morte por uma certa doença para diferentes genótipos. (via Ken Rice, University of Washington Seattle)

Reunião de bioestatística I

Hoje tivemos a primeira reunião de bioestatística do NGHM. Abordamos conceitos básicos como amplitude interquartil, variância, desvio padrão, erro padrão e intervalo de confiança. A apresentação e o R script estão disponíveis aqui.

A reunião tem como objetivo reforçar o conhecimento dos alunos da genética em conceitos básicos de estatística, bem como a compreensão dos testes mais aplicados em pesquisas científicas da área.

A próxima reunião ainda precisa de um voluntário para realizar a apresentação. Alguns tópicos sugeridos são:

1. População e amostras, tipos de variáveis;
2. Correlação e Regressão;
3. Análise de variância (ANOVA);
4. Tipos de distribuição (normal, uniforme, binomial…);
5. Test T: uma amostra, diferença entre duas amostras, distribuição t;
6. Teste do chi-quadrado;
7. Regressão múltipla e logistica;
8. Noções de probabilidade;
9. Odds Ratio;

Sugestão de material:

Livro de estatística OpenIntro Statistics

Vídeos no canal youtube.com/khanacademy 

Os alunos são incentivados a escolherem um tema que tem vontade de aprender ou que tem necessidade aplicar em seu projeto. Há total liberdade quanto ao formato de apresentação.

Defesa de tese de doutorado de Eldamária Wolfgramm

Nos próximos dias, o NGHM vai ganhar o primeiro doutor formado dentro das estruturas do laboratório, e ao mesmo tempo perderá uma pessoa muito especial para todos no grupo, já que Elda estará deixando o lab nesse dia, após vários anos de dedicação a esse humilde cantinho onde se faz ciência.

Eu só posso contar a história a partir do final de 2006. Prestes a deixar a biologia por não me interessar por nenhum campo de estudo, comecei a cursar a disciplina de Genética com o Prof. Iúri Louro. Enfim algo me despertou a curiosidade e pedi a ele um estágio. Após me dizer que só aceitava aluno que tirasse 10 na prova, ele disse o que muitos outros ouviam e viriam a ouvir: “Procure a Elda e converse com ela”. Dias depois, ele me enviou um email explicando que a Elda deixaria o laboratório para cursar mestrado no Rio, e que eu poderia assumir o projeto dela de Câncer de Mama.

Já no início de 2007, tive um rápido período para que ela me ensinasse tudo… extração de DNA a partir de tecido em parafina, PCR, gel… aprendemos juntos o complicado DGGE… e terminaria ali a passagem de Elda pelo NGHM. Porém, as coisas não deram tão certo no Rio e ela voltaria. Nos tornamos mais tarde colegas de doutorado.

Durante esses anos, Elda sempre foi uma líder no laboratório, zelando pela organização, gerenciando seu funcionamento e ensinando aos novatos todo seu conhecimento técnico. Foi a representante do Dr. Iúri, a pessoa a quem se procurar no lab.

A partir do dia 4 de fevereiro, conheceremos o NGHM sem Elda. Espero que seus exemplos se perpetuem e que se diga “nos tempos em que a Elda estava aqui” sempre que se lembrar dos momentos bons da história do laboratório.

Toda sorte do mundo na nova etapa que virá, seja ela qual for. Torcemos para que seja como professora de genética na UFES e, assim, membro permanente da equipe do NGHM.

Eldamária Wolfgramm defenderá sua tese de doutorado no dia 4 de fevereiro de 2013, as 14h30 no auditório da Biotecnologia, no campus da UFES em Maruípe.

Tema: “Biomarcadores no câncer de mama e ovário: uma correlação entre alterações genéticas e aspectos histopatológicos”.

Membros da Banca:
Dr. Iuri Drumond Louro – Orientador UFES/RENORBIO
Drª Flavia de Paula – Examinador Interno UFES/RENORBIO
Dr. Francisco de Paula Careta – Examinador Externo UFES
Drª Greiciane G. Paneto – Examinador Externo UFES
Drª Melissa de Freitas Cordeiro-Silva – Examinador Externo UNISALES