NGHM em tempo real

Com recurso provido pela FAPES (Fundação de Amparo a Pesquisa do Espírito Santo), o NGHM adquiriu seu primeiro equipamento de PCR em tempo real, que foi recebido hoje no Núcleo!

O equipamento é usado para detectar e quantificar moléculas específicas de DNA e será empregado em diversos projetos do laboratório, também criando a possibilidade de desenvolvimento de uma ampla gama de novos projetos.

A melhora da estrutura de equipamentos ocorrida na última década no NGHM é notável. E o “real-time”, como é chamado pelos pesquisadores, vai contribuir muito com o aumento do nível da pesquisa realizada por aqui.

Modelo de PCR em tempo real Rotor-Gene Q (Qiagen)

Modelo de PCR em tempo real Rotor-Gene Q (Qiagen)

Chegando agora ao laboratório?

Ser um novato no laboratório não é uma situação das mais confortáveis, especialmente se for a primeira iniciação científica de sua vida.

Conseguir entrar no NGHM não foi tão fácil pra mim. Para o Dr. Iúri aceitar conversar sobre estágio, tive que tirar nota 10 na prova dele, uma das disciplinas mais intimidadoras da biologia naqueles tempos. Mais difícil ainda foi ter conseguido permanecer. Durante minhas primeiras semanas, quando ainda estava naquela fase de acompanhar as atividades dos alunos mais experientes, fui encarregado de fazer a primeira reunião de laboratório do ano de 2007. Eu teria que apresentar uma revisão de 16 páginas que acabara de sair na Nature Reviews Cancer sobre GPCRs (G protein-coupled receptors). Com toda a dificuldade no inglês e com os termos técnicos, lá fui eu apresentar.

Na verdade, eu não achava nada difícil na época, pois era algo que eu gostava e estava muito curioso pra saber mais sobre genética.

A apresentação? Claro que foi quase um desastre. Mas no fim, meu orientador disse que foi bom, que “quando aparece um aluno querendo trabalhar com câncer, eu dou logo uma revisão dessa… se ele voltar ao lab no dia seguinte, é porque ele quer mesmo”. Mas o importante é que, quando ele sugeriu que eu apresentasse, eu topei na hora, não me intimidei.

Depois do início complicado e nebuloso, sem ideia ainda do que exatamente fazer ali, chega uma fase mais agradável, em que você até descobre, além de um grupo de colegas, um grupo de amigos. E atividades extra-laboratório, como um almoço, um churrasco, um retiro de laboratório (quem sabe?), contribuem muito para essa integração do grupo de trabalho e inserção dos recém-chegados.

Se eu tivesse que dar conselhos para um iniciante, bom eu teria uma lista:

1. Não se intimide, não se esconda, não omita suas opiniões. Ao invés disso, se disponha a realizar e organizar tarefas, seja um integrante ativo do grupo.

2. Sente na mesa do seu colega e peça opinião sobre uma ideia que você teve. Discuta, debata. Esteja presente na mesa e na caixa de emails de seu orientador, mas sem excessos.

3. Não se limite apenas ao seu projeto, principalmente se estiver em um laboratório que já tenha limitações. Muitos alunos se fecham no pequeno universo de seu projeto de pesquisa e não enxergam o ‘big picture’ da coisa.

Bom, e você? Tem alguma história sobre o seu início no lab?

Defesa de tese de doutorado de Eldamária Wolfgramm

Nos próximos dias, o NGHM vai ganhar o primeiro doutor formado dentro das estruturas do laboratório, e ao mesmo tempo perderá uma pessoa muito especial para todos no grupo, já que Elda estará deixando o lab nesse dia, após vários anos de dedicação a esse humilde cantinho onde se faz ciência.

Eu só posso contar a história a partir do final de 2006. Prestes a deixar a biologia por não me interessar por nenhum campo de estudo, comecei a cursar a disciplina de Genética com o Prof. Iúri Louro. Enfim algo me despertou a curiosidade e pedi a ele um estágio. Após me dizer que só aceitava aluno que tirasse 10 na prova, ele disse o que muitos outros ouviam e viriam a ouvir: “Procure a Elda e converse com ela”. Dias depois, ele me enviou um email explicando que a Elda deixaria o laboratório para cursar mestrado no Rio, e que eu poderia assumir o projeto dela de Câncer de Mama.

Já no início de 2007, tive um rápido período para que ela me ensinasse tudo… extração de DNA a partir de tecido em parafina, PCR, gel… aprendemos juntos o complicado DGGE… e terminaria ali a passagem de Elda pelo NGHM. Porém, as coisas não deram tão certo no Rio e ela voltaria. Nos tornamos mais tarde colegas de doutorado.

Durante esses anos, Elda sempre foi uma líder no laboratório, zelando pela organização, gerenciando seu funcionamento e ensinando aos novatos todo seu conhecimento técnico. Foi a representante do Dr. Iúri, a pessoa a quem se procurar no lab.

A partir do dia 4 de fevereiro, conheceremos o NGHM sem Elda. Espero que seus exemplos se perpetuem e que se diga “nos tempos em que a Elda estava aqui” sempre que se lembrar dos momentos bons da história do laboratório.

Toda sorte do mundo na nova etapa que virá, seja ela qual for. Torcemos para que seja como professora de genética na UFES e, assim, membro permanente da equipe do NGHM.

Eldamária Wolfgramm defenderá sua tese de doutorado no dia 4 de fevereiro de 2013, as 14h30 no auditório da Biotecnologia, no campus da UFES em Maruípe.

Tema: “Biomarcadores no câncer de mama e ovário: uma correlação entre alterações genéticas e aspectos histopatológicos”.

Membros da Banca:
Dr. Iuri Drumond Louro – Orientador UFES/RENORBIO
Drª Flavia de Paula – Examinador Interno UFES/RENORBIO
Dr. Francisco de Paula Careta – Examinador Externo UFES
Drª Greiciane G. Paneto – Examinador Externo UFES
Drª Melissa de Freitas Cordeiro-Silva – Examinador Externo UNISALES

As experiências de um aluno do NGHM no doutorado sanduíche

Sempre tive o sonho de fazer o doutorado no exterior, mas não tinha muita informação a respeito e então achava que seria muito difícil. Assim, entrei no doutorado pela Biotecnologia-UFES (programa Renorbio) e desde o início já tinha intenção de fazer sanduíche.

O programa de doutorado sanduíche é aquele no qual o estudante faz uma parte do curso em uma instituição no exterior, com período variável fora do país, no meu caso foi 1 ano e 3 semanas.

Durante meu segundo ano de doutorado, tentei contato com algumas instituições nos Estados Unidos, não tive sucesso com algumas e, estava mais ou menos encaminhado para ir para a University of North Texas trabalhar com um dos maiores pesquisadores da área de genética forense do mundo. Foi então que recebemos um email de um grupo da University of California Berkeley. Dois postdocs no Nielsen Lab, Kirk Lohmueller e Rori Rohlfs, leram um de nossos artigos e queriam colaborar com análises adicionais. Mais tarde eu iria descobrir que estava num lugar muito melhor do que todos que eu estava tentando anteriormente.

Logo pedi a Capes a bolsa de doutorado sanduíche. O processo foi burocrático e um tanto demorado, por isso aconselho começar com alguns meses de antecedência. Há alguns problemas. Por exemplo, contando o valor dos auxílios e da mensalidade, a bolsa da Capes chega a $1.500, mas a UC Berkeley requeria um mínimo de $2.000, assim meu orientador lá teve que me pagar uma complementação. Se ele não fizesse isso, eu nunca teria ido. Mas deu tudo certo e no final de novembro de 2011 embarquei rumo a San Francisco, para passar 1 ano em uma das melhores universidades do mundo que ficava do outro lado da ponte, ou “across the bay” como dizem os habitantes da Baía de San Francisco.

Mas como ir para um país onde você não conhece ninguém, onde as coisas são diferentes? Como chegar lá, como arrumar um lugar pra morar? Eu tive muita sorte, tinha parentes um tanto distantes que moravam em Orinda, cidadezinha localizada a 4 estações de metrô (ou BART, para os mais chegados da SF Bay Area). Eles me acolheram e tiveram um papel importantíssimo na minha chegada e adaptação. Aos que não tem essa sorte, morar nas residências da universidade ou contar com os colegas do laboratório para achar um lugar são boas alternativas. Eles estão acostumados a receber visitantes e sabem como ajudar.

Ao chegar na Universidade, tive logo a noção de que seria o melhor ano da minha vida. O campus era lindo e realizava exatamente o meu sonho de estar numa universidade americana. Era tudo como um filme. Entretanto, ao chegar no lab e conversar (e estrear o inglês que eu achava que sabia) com o grupo de trabalho pela primeira vez, entendi que não era bem o que eu estava esperando. Logo me perguntaram: “Você sabe programar em R?”. Respondi que não, que eu era biólogo e que não sabia nada de programação. Logo senti o olhar deles, olhando um para o outro e talvez pensando “isso será difícil”.

Começou ali a primeira grande mudança de paradigma da minha vida científica. O laboratório era formado por salas com computadores e cheias de biólogos, engenheiros, cientistas da computação, estatísticos, matemáticos, etc… todos com uma coisa em comum: a habilidade de trabalhar com o chamado “Big Data”, grandes bancos de dados como os dados genômicos gerados em larga escala, com ferramentas avançadas de programação e estatística. Dizer que é biólogo não é desculpa para não saber estatística e programação. As ciências biológicas hoje em dia são dominadas por metodologias como sequênciamento de DNA de nova geração e chips de SNP, que geram muitos dados. E o qual é o seu lugar no mercado se não sabe lidar com esses dados? Enviar para um estatístico não é mais opção!

Passei o ano aprendendo programação em R, muitas vezes por mim mesmo com fontes da internet e livros, mas também com muita ajuda do grupo no lab e frequentando aulas. No início eu escrevia ao Dr. Iúri Louro, meu orientador no Brasil, dizendo que eu não tinha ido lá pra isso, que ia pedir pra trocar pra um lab de ‘biologia de verdade’. Mas após alguns meses, eu iria descobrir que não queria fazer outra coisa na vida senão me especializar em análise de dados.

Depois de tudo, me considero ainda um aprendiz, mas agradeço muito ao grupo do Nielsen Lab e todo o Center for Theoretical Evolutionary Genomics por terem mudado minha vida. Descobri um lado totalmente novo da biologia e que vai ser muito presente no meu futuro daqui pra frente.

Meus colegas foram muito mais do que colegas de laboratório, fiz grandes amigos. Eles fizeram com que eu me sentisse mais em casa do que jamais senti, e que ficasse muito triste por estar voltando ao lugar onde nasci. Foram festas, bares, reuniões em casa, viagens, retiros de laboratório, partidas de futebol, até churrascos onde fiz caipirinhas. Foi uma vida muito feliz.

Agora volto ao Brasil para finalizar meu doutorado. Será um novo desafio voltar depois de tudo que aprendi lá. Apesar de estar muito feliz pela volta, também sei que estarei um tanto isolado no lab, pois ninguém aqui faz o tipo de trabalho que agora eu faço.

O próximo objetivo é conseguir financiamento para voltar a UC Berkeley para o pós-doutorado, uma tarefa dificílima. Mas antes disso, tenho uma obrigação mais urgente muito conhecida de todos os alunos bolsistas… deixa eu ir fazer meu relatório final da Capes…

Update feito em 14/02/2013: Fiquei sabendo que a Capes está oferecendo agora um bônus de $400 para quem vai para regiões consideradas com alto custo de vida, Berkeley está entre elas.

Update 2: muitas perguntas sobre os procedimentos de aplicação para bolsa, viagem e outras burocracias tem sido feitas nos comentários. Podem enviar também para vitor.aguiar[arroba]me.com

Uma história do NGHM e da Genética no Espírito Santo por Dr. Iúri Louro

A história do NGHM se mistura com a história da genética no Espírito Santo. Quanto eu fiz medicina na UFES, uma sala grande (que virou 3 escritórios de hoje!) com 3 mesas dos professores Eliete, Déia e Carlos Rogério, abrigava todos os professores de genética da UFES. Era um tempo muito diferente, sem internet e sem globalização. Dentro da sala tinha um livro gigante chamado Mendelian Inheritance in Man, que sempre foi a Bíblia dos geneticistas clínicos e era consultado a cada novo paciente que passava por lá e deixava muitas dúvidas. Hoje o site OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) fornece gratuitamente todas as informações que um geneticista clínico e molecular pode querer!

A minha história dentro da genética do ES começou ainda antes deste período, quando nas aulas do Salesiano (na época era uma das melhores escolas de Vitória!) tive aulas de genética com uma jovem e linda loira, a Xuxu! Na época muitos alunos gostavam de genética, mas é possível que o interesse fosse mesmo na professora! Acabei não encontrando nada mais interessante do que genética e aqui estou eu…

Ao voltar para UFES como professor, não mais encontrei Eliete, Déia e Carlos Rogério, somente a Xuxu! Na tentativa de mudar o foco da genética para molecular, solicitei a mudança do SAG (Serviço de Aconselhamento Genético) para NGHM. O que tínhamos lá ao começar? Uma máquina de PCR, algumas pipetas descalibradas, 1 tubo de Taq vencido há 10 anos e alguns alunos super interessados em genética. Que genética? Não sei…

Dois destes alunos, o Francisco e a Greiciane, já são professores da UFES! É uma grande satisfação ver estas mudanças, creio que a maior e mais verdadeira de todas. Hoje temos mais equipamentos, mais pipetas (calibradas!), mais enzimas (não vencidas) e muito mais alunos! Temos mestrado e doutorado. Portanto um capixaba não precisa mais sair do País para aprender genética, não precisa nem sair do Estado.

Se ainda nos falta muito, já chegamos mais longe do que eu próprio imaginava. O Vitor está em Berkeley a convite e agora virou bioinformata! Quem sabe quantos seguidores terá? Se a infra estrutura é deficiente, a boa vontade dos alunos tem sido mais do que abundante. Me parece que está provado que com pouco dinheiro e muita vontade, boas coisas acontecem…

O futuro do NGHM? Olha, eu acho que você está mais apto a falar dele do que eu…
que soprem os bons ventos!

Essa história foi enviada por Dr. Iúri Drumond Louro, um dos coordenadores do NGHM.